Le 1er avril 1943, Saint-Exupéry désespéré de ne pas servir son pays, obtient de la mission Béthouart un ordre de mobilisation. Ses amis tentent de le faire changer d’avis mais le 4 mai 1943, après un départ précipité, il débarque à Alger où l’attend Georges Pélissier.
Le 5 mai, il rejoint, à Laghouat, le 2/33 commandé par René Gavoille. Désormais, les hommes sont intégrés dans le groupe de reconnaissance photographique commandé par le colonel E. Roosevelt. Antoine de Saint-Exupéry n’est pas au bout de ses peines : les appareils de son groupe sont des LightningP38 or le règlement établi par les Américains interdit à ceux ayant dépassé la trentaine de piloter ces engins qui volent à 650 km heure et montent à 13 000 m d’altitude. Il est âgé de 43 ans. Le général René Chambe doit encore intervenir et Antoine de Saint-Exupéry s’entretient avec le général Henri Giraud pour plaider sa cause avant que celui-ci ne se décide à demander aux alliés une dispense exceptionnelle pour un aviateur qui ne l’est pas moins.
Après un mois d’inactivité, en juin 1943, il est autorisé à voler. Il s’entraîne sur P38, mais sans être affecté au 2/33. Le 19 juin, il est reconnu provisoirement apte à voler en P38. Le 25 juin, il est promu commandant et le 29 juin il subit avec succès un test médical. Le 2 juillet, il suit son unité à La Marsa (Tunisie). Le 21 juillet, il effectue sa première mission de reconnaissance au-dessus de la Côte d’Azur. Au retour de la seconde, des incidents de pilotages et une certaine nonchalance en ce qui concerne les consignes techniques lui valent d’être suspendu de vol le 1er août 1943.
Après avoir multiplié les entrevues et les suppliques, il obtient l’autorisation de voler à nouveau. Il est affecté à la 31e escadre de bombardement composée de B26 Marauder, basée à Villacidro en Sardaigne. Il y arrive début avril 1944 et reprend sans enthousiasme du service comme co-pilote.
Le 16 mai 1944, il obtient son détachement de la 31e escadre au 2/33 qu’il rejoint à Alghero (Sardaigne). Le 14 juin, son premier vol de reconnaissance se déroule au-dessus de Rodez et d’Albi. Le 23 juin, sa seconde mission l’emmène vers Avignon. Le 29 juin, jour de son anniversaire, il vole au-dessus de Grenoble. Il se pose à Borgo en Corse et regagne la Sardaigne le 2 juillet. Le 17 juillet 1944, son unité est transférée à Borgo (Corse). De là, les hommes doivent préparer le débarquement de Provence.
Le 31 juillet 1944, Saint-Exupéry prend place dans le P38 n° 223 pour une mission de reconnaissance sur la région de Grenoble et Annecy. À 8 h 35, il décolle de la base de Borgo pour sa dixième mission dont il ne reviendra jamais.