Son éditeur américain Eugene Reynal, à moins que ce ne soit son épouse Elisabeth, suggère à Antoine de Saint-Exupéry d’écrire un conte pour enfants, l’histoire du petit bonhomme qu’il n’arrête pas de dessiner partout. Ce texte de dimensions réduites pourrait être publié pour les fêtes de Noël 1942.
Au début de l’été 1942, Antoine loue avec Consuelo une maison à Westport (Connecticut) avant de s’installer dans le manoir de Bevin House à Northport (Long Island), pour fuir l’agitation new yorkaise. Il prend des cours d’anglais avec la jeune étudiante, Adèle Bréaux. Le couple reçoit les Mauroiset invite Marx Ernst dans la grande maison de style Victorien. L’écrivain philosophe Denis de Rougemont leur rend visite souvent et se voit désigné parrain du boxer Annibal qui remplace le petit Yuki.
Saint-Exupéry s’attache à l’écriture du Petit Prince et aux illustrations qu’il a décidé de réaliser lui-même. Il manie le stylo à la nuit tombée, à grand renfort de café et de cigarettes. En pleine nuit, il téléphone à ses amis pour solliciter leur avis. À la mi-octobre 1942, le texte est rédigé mais l’écrivain peine sur les dessins. Le fils du philosophe de Konnick lui aurait servi de modèle pour certaines attitudes et le caniche de Sylvia Hamilton pour dessiner le fameux mouton. Parfois, épuisé, il s’endort sur son bureau.
Le Petit Prince est finalement publié le 6 avril 1943 par Reynal & Hitchcock en anglais et en français. Le 13 avril 1943, Saint-Exupéry quitte les États-Unis pour rejoindre les Forces françaises libres en Algérie. À New York, les critiques sont élogieuses. Orson Wells commence à travailler sur le scénario pour adapter le livre au cinéma. Mais il renonce découragé par le refus de Walt Disney de s’associer à ce projet.
La première édition française est publiée par les éditions Gallimard après la Libération et la mort de l’auteur, en avril 1946. Près de 10 000 exemplaires du premier tirage sont vendus en juin 1946.