Saint-Exupéry fait plusieurs séjours à Marseille. En aoùt 1921, c’est de cette ville qu’il embarque sur un paquebot à destination de Casablanca pour rejoindre le 37e régiment d’aviation. En janvier 1922, il embarque à Tanger pour faire la traversée en sens inverse. En 1932, il est affecté au parcours Marseille-Alger sur hydravion par l’Aéropostale. En 1935, il accompli 11 000 km de Casablanca à Marseille pour une tournée de conférences autour de la Méditerranée afin de présenter Air France. En janvier 1936, après son sauvetage dans le désert, il embarque du Caire sur le paquebot Kawsar qui le débarque à Marseille. Lorsqu’il revient d’Alger en aoùt 1940, c’est à Marseille qu’il arrive après sa traversée sur la paquebot » Lamoricière « . Et en novembre, c’est de cette ville qu’il voit pour la dernière fois son ami Henri Guillaumet. En 1998, une gourmette en argent portant le nom de Saint-Exupéry, est pêchée au large de Marseille. En 2000, plusieurs vestiges d’un avion de reconnaissance Lightning sont découverts près de l’île de Riou. En 2003, des pièces du P-38 piloté le 31 juillet 1944 par Antoine de Saint-Exupéry sont relevées de quelques 60 m de profondeur.
En 2009, une plaque commémorant le 65e anniversaire de la disparition de Saint-Exupéry est dévoilée par Jean-Claude Gaudin, maire de Marseille et destinée à l’îlot du Grand Congloué.